Cejlon Cejlon (znany dzisiaj jako Sri Lanka) to mała wyspa położona u wybrzeży Indii. Większość jej powierzchni porasta tropikalna dżungla, która kryje w sobie wiele starożytnych ruin. Indy rozpoczyna swą przygodę tutaj, poszukując zaginionego miasta oraz ukrytych w nim artefaktów.
Strzeżone przez olbrzymie krokodyle ruiny stanowią dla Indy'ego nie lada wyzwanie. Musi on pokonać wiele zdradliwych rozpadlin i starożytnych pułapek skacząc, wspinając się i używając swego bata. Na swojej drodze Indiana spotyka też najemników, którzy za wszelką cenę chcą zdobyć artefakty.

---

Praga Indy odbywa podróż do Pragi w pogoni za jednym z fragmentów artefaktu, który prowadzi do tajemnic skrywanych przez Grobowiec Cesarza. Jego poszukiwania mają miejsce w XV-wiecznym zamku, zamieszkałym przez austriackiego księcia zwanego Vega the Alchemist, szaleńca słynącego ze swej obsesji na punkcie okultyzmu, jak i swego okrucieństwa. Zamek Vegi to ogromny, wielopiętrowy gmach, pełen sekretnych przejść, ukrytych komnat i śmiertelnych pułapek. Im bardziej Indy zapuszcza się w głąb zamku, tym więcej napotyka na swej drodze pułapek przygotowanych nań przez księcia.

---

Stambuł Indy staje się w Pradze ofiarą zasadzki i zostaje zabrany do Stambułu, gdzie jego przeciwnicy mają zamiar poddać go torturom i przesłuchaniom. Indy'emu udaje się jednak uwolnić i przedrzeć przez sale i dach tureckiego meczetu, w którym był przetrzymywany.
Po ucieczce Indiana znajduje w podziemiach meczetu olbrzymią konstrukcję. Odkrywa tam szyb prowadzący do położonego pod miastem systemu wydrążonych przez morze jaskiń. Jaskinie te zawierają mnóstwo wspaniałych, bizantyjskich ruin, ukrytych przed światłem dziennym i połączonych siecią podziemnych korytarzy.

---

Hong Kong W poszukiwaniu sekretów skrywanych przez Grobowiec Cesarza, Indy udaje się do Hong Kongu. Zaplanowane spotkanie w gmachu opery Złoty Lotos nie ułożyło się tak jak powinno - Indy oraz Mei Ying wpadają w zasadzkę. Indiana musi utorować sobie drogę przez wiele pokoi i korytarzy opery, tylko po to, by zobaczyć ucieczkę Mei Ying i jej porywaczy. Indy podąża za nimi i na zatłoczonych ulicach Hong Kongu rozgrywa się emocjonujący pościg. Gonitwa kończy się dopiero w porcie, skąd Indy oraz jego przyjaciel Wu Han podążają za tropem porywaczy Mei Ying.

---

Morze Południowochińskie Następnie Indy udaje się na wyspę Peng Lai położoną na Morzu Południowochińskim, gdzie Triada Czarnego Smoka oraz naziści połączyli swe siły, by wspólnie odkryć tajemnice Grobowca Cesarza. Tam Indy przedostaje się przez hitlerowską bazę łodzi podwodnej, pełną wodnych kanałów i stanowisk wojskowych.
Z bazy łodzi podwodnej Indiana dostaje się do kolejki linowej, która stanowi jedyną drogę do położonej na szczycie wyspy twierdzy Marshal Kai'a. Niestety naziści chcą za wszelką cenę powstrzymać Indy'ego, więc przypuszczają atak powietrzny na kolejkę, którą jedzie archeolog. W przeciwieństwie do pozostawionej w tyle nowoczesnej bazy, architektura i wystrój twierdzy pozostają w typowym, chińskim stylu.
Wewnątrz twierdzy znajduje się niewiarygodnie piękna pagoda Marshal Kai'a. Obiekt jest w stanie częściowej ruiny, ale Triada jest właśnie w trakcie jego renowacji. Dzięki okalającej budynek sieci rusztowań, Indy może się wspinać na kolejne piętra.

---

Grobowiec Cesarza Grobowiec Cesarza jest pełen tajemnic i artefaktów, których ludzkie oczy nie widziały od tysięcy lat. Składa się on ze starożytnych świątyń oraz korytarzy, strzeżonych przez pułapki i śmiertelnie niebezpiecznych przeciwników.
Na swojej drodze Indy natrafia na zdradzieckie przepaście, pułapki oraz nadprzyrodzone istoty, które czychają na niego na każdym z poziomów grobowca, a każda z nich jest jest bardziej niebezpieczna i straszliwa niż poprzednia.